NARODNOOSLOBODILAČKI POKRET I DRŽAVNOST BiH
Nakon šestoaprilskog sloma, jedina politička struja u Jugoslaviji, koja je se prva digla na ustanak protiv okupacije i domaćih petokolonaša, bila je Komunistička partija Jugoslavije na čelu sa Josipom Brozom. Narodnooslobodilački pokret je bio višenacionalan, a najviše su ga sačinjavali Srbi, Muslimani i Hrvati.
<!--[if !vml]--><!--[endif]-->Prve borbe na poziv KPJ u Bosni i Hercegovini počele su 27. jula 1941. godine napadima partizana na Drvar, Oštrelj i Bosansko Grahovo. Nakon tih operacija ustanak je buknuo u gotovo svim krajevima Bosne i Hercegovine. NOP je uspio da oslobodi prostrane teritorije, pri čemu su razbili znatne ustaške jedinice i uspjele da oslobode Drvar, Bosansko Grahovo, Glamoč. Mrkonjić – Grad, Han – Pijesak, Sokolac, Srebrenicu, Vlasenicu, Gračanicu. Stvaranjem prvih slobodnih teritorija okupatorski sistem je bio ozbiljno ugrožen. NOP koristeći se partizanskim načinom ratovanja, uspijevao je presjeći većinu komunikacija. Time je saobraćaj poremećen , što je uveliko otežavalo transport hrane, oružja, trupa, okupatoru.
U oktobru i novembru 1941. godine Tito se nalazi na teritoriji Užica (Užička republika)<!--[if !supportFootnotes]--><!--[endif]--> odakle razvija ustanak protiv okupatora. Nakon njemačke ofanzive partizani se povlače u istočnu Bosnu, gdje će se stvoriti velika slobodna teritorija i u Rudom 21. decembra 1941. godine, na inicijativu Tita, formira se Prva proleterska brigada.
Osnovni cilj NOP-a, pored oslobođenja Jugoslavije, bio je traženje saveznika u četničkom pokretu. Prilom izvođenja napada na ustaške i njemačke garnizone u Foči, Rogatici, Zvorniku, Kladnju i Olovu, četnici stupaju na stranu agresora, što je dovelo do pada Užičke republike. Od tada četnička politika i propaganda je išla sve otvorenije protiv NOP-a. Četnici su svoje najvažnije uporište našli u Njemcima, tražći od njih priznavanje kao saveznika Trećeg Rajha. Međutim, četnici su za Njemce bili samo pomoćna jedinica za borbu protiv partizana i bili su pod apsolutnom kontrolom Njemačke.
Nakon neuspjeha okupatorskih snaga da slome partizane u prvoj polovici 1942. godine, glavnina partizanskih snaga pokreće pohod na na Bosansku krajinu. Od kraja juna 1942. godine u snažnom naletu partizanske snage uspijevaju da savladaju talijansko-ustaške snage i i presjeku prugu Sarajevo – Dubrovnik i odsjeku Hercegovinu i južnu Dalmaciju od NDH. Na svom ofanzivnom pravcu prema Bosanskoj krajini partizanske snage oslobodile su bradinu, Prozor, Gornji Vakuf, Kreševo, Duvno, Šujicu, Livno i Posušje. Spojivši se sa krajiškim i hrvatskim jedinicama partizanske snage oslobodile su prostranu teritoriju u zapadnoj Bosni i Dalmaciji. Oslobađanjem Bihaća, Bosanske Krupe, Cazina i manjih mjesta do Bosanskog Novog, stvorena je slobodna teritorija od Rame i Neretve do okolice Zagreba, Karlovca i Rijeke, obuhvatajući površinu od oko 50 000 km2 koja je nazvana Bihaćka republika.
Od vojnih ofanziva koje su se vodile na tlu BiH bile su druga neprijateljska ofanziva od 15. januara do 5. februara 1942. godine, koja se zbila u istočnoj Bosni. Treća ofanziva trajala je od sredine aprila do dredine juna 1942. godine. Planina Kozara je bila centar otpora partizanskih snaga. Borbe su počele 10. juna i trajale su do 16. jula. Partizana je bilo oko 3 000, te oko 500 ranjenih i oko 80 000 civila koji su bježali pred naletima okupatora. Zbog nadmoći neprijatelja Vrhovni štab donosi odluku o proboju ka Grmeču. Uz velike gubitke,jedan dio partizanskih snaga je uspio da se probije, dok je drugi dio bio zarobljen. Četvrta ofanziva trajala je od 10. januara do kraja aprila 1943. godine.
Za ovu ofanzivu njemci su pripremili operaciju Vejs I i II. Cilj operacije je bio presjeći slobodnu teritoriju, čiji je centar bila zapadna Bosna i uništiti dijelove Narodnooslobodilačke vojske. Vrhovni štab je odlučio da se proboj izvrši u pravcu Neretve. Partizanske snage su imale oko 4 000 ranjenika, a s ciljem spasavanja ranjenika i spriječavanja ujedninjenja njemačkih i talijanskih jedinica, Vrhovni štab je donio odluku o rušenju mostova na Neretvi. Na lijevoj obali Neretve bilo je oko 25 000 četnika na čelu sa Dražom Mihailovićem. Partizani su izvršli proboj na desnoj strani Neretve uz spašavanje ranjenika. Tada počinje tzv. Neretvanska bitka, odnosno Bitka za ranjenike koja je trajala 40 dana, od 8. februara do 31. marta 1943. godine. U borbama nanesen je težak poraz četničkim jedinicama, a partizani su izvršili prodor kroz Hercegovinu prema Drini. Poraženi Draža Mihailović bježi u Srbiju. Njemačke snage ocjenivši da operacije Vajs nisu urodile plodom, pripremale su snažan napad na partizane. (Švarc). Petnaestog maja 1943. godine agresor s oko 120 000 vojnika napalo je centralno jezgro oslobodilačke vojske koje je obuhvatalo oko 20 000 partizana, 4 000 ranjenih i bolesnih te desetine hiljada izbjeglica. Vrhovni štab odlučuje da se proboj izvrši prema Sutjesci. Nakon proboja stvara se slobodna teritorija u istočnoj Bosni.
S vojnim pobjedama u ljeto i jesen 1942. godine jačale su i političke osnove NOP-a. Tako na oslobođenoj teritoriji, u Bihaću 26/27. novembar 1942. osniva se Antifašističko vijeće narodnog oslobođenja Jugoslavije (AVNOJ) koji je imao karakter vlade na čijem se čelu nalazio dr. Ivan Ribar. AVNOJ je preuzeo na sebe političke poslove, organizaciju narodne vlasti, usaglašavanje rada narodnoodlobodilačkih pokreta, te davao posticaj i incijativu za osnivanje zemaljskih antifašističkih tijela u onim dijelovima zemlje gdje još nisu postojala. Tako 25. novembra 1943. godine u Mrkonjić – Gradu održava se prvo zasjedanje Zemaljskog antifašističkog vijeća narodnog oslobođenja Bosne i Hercegovine. Na tom zasjedanju obnovljena je državnost Bosne i Hercegovine i donesena rezolucija kojom se ZAVNOBIH konstituaira kao opće predstavništvo naroda BiH. Samo četiri dana nakon sjednice ZAVNOBIHA- a, u Jajcu je održano Drugo zasjedanje AVNOJ –a. Većina srpskih političara (Milovan Đilas) je smatrala da se Jugoslavija treba sastojati od pet republika, a BiH u okviru Jugoslavije treba da bude autonomna provincija. Međutim, uz veliku podršku Broza i Kardelja prihvaćena je ideja da BiH postane samostalna republika u okvirima federalne Jugoslavije. Na drugom zajsedanju ZAVNOBIH-a, koje je održano u Sanskom Mostu od 30. juna do 2. jula 1944. donesena je odluka o konstituiranju ZAVNOBIH-a u najviše zakonodavno i izvršno narodno predstavničko tijelo BiH. Na zasjedanju je usvojena deklaracija o pravima građana BiH kojom su bila garantirana osnovna ljudska prava.
Početkom 1945. godine njemačke i ustaške snage su držale još Sarajevo, Mostar i dolinu rijeke Bosne. Polovinom septembra 1944. godine oslobođena je Tuzla, zatim početkom oktobra veći dio istočne i južne Hercegovine. Do početka marta 1945. oslobođena je sva Hercegovina.
Sarajevo je oslobođeno 6. aprila a do 1. maja 1945. godine i posljednji dio BiH je bio očišćen od njemačkih trupa. Završni obračuni s četničkim jedinicama desili su se na Vučijaku, gdje je Draža Mihailović, sa oko 10 000 četnika bio potučen do nogu. Draža i nekolicina njegovih pristalica uspjeli su da pobjegnu u Srbiju.

Partizani su u teškim borbama 25. maja 1945. godine kod Odžaka savladali ustašku jedinucu koja je brojala oko 4 000 pripadnika. U oslobođenom Sarajevu je 26. aprila održano i treće zasjedanje ZAVNOBIH-a, na kojem se ZAVNOBIH pretvorio u Narodnu skupštinu BiH.